Шрила Гаура-Кишора даса Бабаджи Махараджа родился в 30-х годах XIX-го века в округе Фаридапура, неподалеку от местечка под названием Тепакхола, в деревне Вагйана в Восточной Бенгалии, ныне Бангладеш. Практически всю свою жизнь он занимался продажей зерновых, а после кончины жены оставил свои дела и отправился в священный Вриндаван, город неподалеку от Дели, славящийся множеством священных озер и лесов, а также уникальными храмами Кришны. Там он встретил Шрилу Бхагавата-даса Бабаджи, одного из выдающихся учеников Шрилы Джаганнатхи даса Бабаджи Махараджа, и принял от него посвящение в жизнь отшельника, называемых в вайшнавской традиции Бабаджи.
С тех пор он носил одну лишь набедренную повязку и ночевал каждый раз под другим деревом, коих во множестве росло на просторах Вриндавана. Так продолжалось примерно тридцать лет. В течение этого времени он иногда путешествовал по святым местам Северной и Западной Индии, в том числе посещал Гаура-мандалу, или Навадвипу. Шрила Гаура-кишора даса Бабаджи славился среди жителей Вриндаваны, где его уважительно называли бхаджанананди, «тот, кто постоянно ощущает блаженство медитации на Верховного Господа». Несмотря на оказываемые ему почести, он никогда не стремился к материальному чувственному удовлетворению и весьма нелестно отзывался о тех, кто притворяясь святым, тайно предавался греху. Смысл его жизни состоял в беспримесной преданности Верховному Господу, и поведение его было безупречным.
В 1897 году по указанию Шрилы Джаганнатхи даса Бабаджи он покинул Вриндавану и отправился в Шри Навадвипу. Этот город в Западной Бенгалии, где родился Шри Чайтанья Махапрабху, вайшнавы считают его неотличным от священного Вриндавана. Там Гаура Кишора даса Бабджи провел остаток своих дней, живя на подаяние, что приносили ему жители этого необычного города. Временами он предлагал эту пищу Верховной Личности Бога, просто держа ее в руках, а когда решал сварить что-нибудь, собирал щепки на дороге и варил то, что ему давали, в горшках, выкинутых по случаю затмения (традиционно такие горшки считаются нечистыми, но Гаура Кишора даса Бабаджи мыл их и затем готовил). Когда у него ветшала одежда, он шел к берегу Ганги, подбирал и стирал выброшенную одежду, которой покрывали тела усопших в местах кремации. Так он оставался независимым, просто пользуясь никому не нужными вещами.